minttyでは、Cygwinにインストールされたパッケージだけでなく、Windowsのプログラムも実行することができます（一部のWindowsプログラムは動作しない可能性もあります）。たとえば、mintty上で、notepadをEnterするとWindowsの標準アプリであるメモ帳（notepad.exe）が起動します。同じ様にcmdをEnterすると、cmd.exeが起動しますのでDOS窓と同等の操作が可能になります（ただし日本語を正しく表示するには、コンソールの設定をsjisに変更する必要があります）。 　minttyは次の書式で実行されます。

mintty [OPTION]... [ - | PROGRAM [ARG]... ]

　OPTIONには、GNUの標準的なフォーマットのオプションを指定することが出来ます。PROGRAMにはターミナルを起動した後に実行するプログラムを指定することが出来ます(省略可）。そのプログラムに与える引数はARGで指定します。
　minttyでは、次のようなオプションを指定することが出来ます。

オプション	説明
-c, --config FILENAME	/etc/minttyrc や ~/.minttyrcに追加するための設定ファイルを指定します
-C, --loadconfig FILENAME
-e, --exec PROGRAM [ARG ...]	起動したターミナルのセッション内でPROGRAMを実行し、引数ARGを渡します。このオプションは他のターミナルとの互換性のために存在します
-h, --hold never|start|error|always	コマンドが終了して接続されたプロセスが無い場合に、ターミナルウィンドウを閉じるかどうかを指定します。デフォルトでは、子プロセスがシェルコマンドの実行に失敗しない限り、ターミナルウィンドウは直ちにクローズします
-i, --icon FILE[,INDEX]	指定した実行ファイル、DLL、アイコンファイルからwindow iconをロードします。複数のアイコンを持つファイルの場合、INDEXによってロードするアイコンを特定します
-l, --log FILE|-	指定したログファイル（FILE）にすべての出力のコピーを出力します。ログファイル名に-を指定すると標準出力に出力されます。ログファイル名（FILE）に含まれる%dはプロセスIDに置換されます
-o, --option NAME=VALUE	コンフィグファイルオプションをオーバーライドします。例：-o ScrollbackLines=1000
-p, --position X,Y	ウィンドウを開く座標を画面の左上の角からの座標で指定します。X, Yの代わりにcentre、right、left、top, bottomを指定することも出来ます。X, Yの代わりに@Nを指定すると、ディスプレイ番号Nのディスプレイにウィンドウが開きます
-s, --size COLS,ROWS	ウィンドウのサイズを指定します。座標の代わりに、maxwidthやmaxheightを指定することも出来ます
-t, --title TITLE	初期ウィンドウタイトルを設定します。デフォルトでは、実行コマンド名がセットされます
-T, --Title TITLE	このオプションで指定したタイトルは、固定的なウィンドウタイトルとして用いられます。この機能はコマンドラインでのみ有効です
-B, --Border frame|void	ウィンドウタイトルの表示を抑制し、フレームのみ、またはボーダーなしで表示します。この機能はコマンドラインでのみ有効です
-u, --utmp	utmp(ログイン情報）エントリを生成します
--class CLASS	メインウィンドウのクラス名を指定します（デフォルトはmintty）。このクラス名はスクリプティングツールが異なるminttyインスタンスを区別するために利用できます
-d, --nodaemon	デーモン化を適用しません
-D, --daemon	デーモン化を実行します
-R, --Reportpos mode	minttyがクローズされる前のウィンドウ座標とサイズをレポートします。modeにはs（ショート）、o（ロング）のいずれかが指定可能で、ターミナルが閉じるときにそれぞれのモードに応じたフォーマットでウィンドウ座標とサイズがレポートされます
--store-taskbar-properties
-H, --help	簡単なヘルプメッセージを表示します
-V, --version	バージョン情報を表示します