コマンドラインからMySQLを操作するには、「MySQLモニター」を起動します。「MySQLモニター」はWindows版ではmysql.exeとなっていて、MySQL/MySQL Server 5.5\binのようなディレクトリにインストールされているはずです。「MySQLモニター」は頻繁に使うはずなので、PATHに追加しておきます。